В упор не вижу проблемы
Объясните, пожалуйста, в чем она? Подумаешь, бином Ньютона: совпадает вин.п. с род. - одушевленное, совпадает с им. - неодушевленное. И фсе. Что тут непонятного? Про "кто/что" можно ребенку вообще не говорить,чтобы не было сложностей "не могу задать вопрос "кто" кукле/матрешке/душе". Что тут сложного?