Может, дело не в том, что они стали реагировать друг на друга, а в том, что режимы синхронизировались у них? И тот, кто спал, просыпается не от плача второго, а от того, что тоже пора просыпаться?
А про разные комнаты-если они не со 100%-й звукоизоляцией-то навряд ли поможет