Наш министр образования где-то в инете отвечал на вопросы по поводу ЕГЭ и если я правильно поняла, то при поступлении в ВУЗ приносятся результаты ЕГЭ из школы, но когда нет какого-то экзамена - он сдаётся именно в ВУЗе в формате ЕГЭ. Если вопрос ещё не решился, то может надо поинтересоваться там куда поступаете?
Удачи!