У нас так было. На старой квартире.
Тут есть только 2 варианта - если эти обои можно красить - попробовать окрасить их водоэмульсионкой отколорированной. Нас это на пару лет выручило.
Но все равно это меня раздражало сильно, и мы сделали потом вариант два - ободрали все обои, грунтовка, шпаклевка, ошкуривание, шпаклевка, ошкуривание, грунтовка - оклейка обоями. На стенах хватило и так. А потолок пришлось шпаклевать в четыре слоя и окрашивать трижды, пока добились безупречного белого. Хорошо, маляры были с руками и головами

Чего и вам желаю.
п.с. мы выяснили, отчего у нас были такие пятна - в комнате жили люди, которые много лет вдвоем там нещадно курили. Когда потолок отмывали от побелки, пахло "старыми пепельницами" - жуть.