Документы - Ведение книги продаж - Регистрация счетов-фактур на аванс.
И либо по кнопке Заполнить (подбирает по входящим платежам), либо вводите в список по кнопке Добавить.
Сформированные счета-фактуры появляются в списке Документы - Ведение книги продаж -Счет фактура выданный.
(В него, кстати, можно попасть и непосредственно из формы Регистрация счетов фактур на аванс, вверху слева кнопка есть.)
Кстати, про авансы:
http://buh.ru/newsDescr.jsp?ID=4593