Стоматиты у младенцев, в подавляющем большинстве случаев, бывают двух видов: вирусные и кандидозные (грибковые). Как "поймать" вирусный стоматит, наверно, всем понятно - воздушно-капельным путем от больного ОРВИ человека. Кандидозный стоматит - как правило, осложнение антибиотикотерапии, которую так любят наши "педиатры", которые "лечат" "дисбактериоз" и т.п.
Хочу сразу предупредить, что не все стоматит, что изменяет, на Ваш взгляд, вид слизистой ротика ребенка. Если есть белые налеты, это еще ни о чем не говорит. Белые налеты на щечках и языке и отсутствие каких-либо жалоб со стороны ребенка (доволен, весел, сосет грудь, как обычно) - это нормальное состояние слизистой ребенка, находящегося на ГВ. Лечить ЭТО не надо.
Грязь, которую ребенок тащит в рот, ничего с ребенком не сделает. Максимум - глисты, пардон.

У нас есть прекрасное средство от грязи - слюна, она обеспечивает нашу защиту от большинства микроорганизмов, которые мы можем "словить" через рот.
Так что...