Счет-фактуры на аванс отдельно по каждому платежу - ам где регистрация счетов-фактур на аванс. Потом через обычную реализацию делаете акт, из акта - счет-фактуру. Все
В итоге счетов-фактур - две (или три если у Вас два платежа авансовых), себе в книгу продаж - все распечатываете, покупателю - только тот что на реализацию из акта.