Бухгалтера поможите
 

Как правильно сделать. Б/л я посчитала, как в 1С правильно завести.
Если делать начисление-вычитает НДФЛ.
Сделала операции(введеные в ручную) Д 69,1 к 70
а потом расчетную ведомость и рко или РКО хватит одного.

Так все правильно. Больничные тоже облагаются НДФЛом.

а забыла написать что это декретный больничный, с него вроде не вычитается. Или я что то путаю

Да, декретные не облагаются НДФЛом.

Но как справиться с 1С не подскажу... Сама всегда в ЗиКе работала.

Вообще, если программа уже посчитала ЗП и потом Вы ввели больничный, то естественно идет перерасчет НДФЛ с минусом. В чем здесь проблема?
Потом Вы делаете расчетную ведомость... На ее основании платежную ведомость. И потом уже разбираетесь с оплатой (или из кассы, или по безналу)...

Заводите через док-т начисление з/п: кор.сч.69,1, вид начислений - заведите, скажем, "декретные", код дохода поставьте 0000 - "доходы освобождаемые от налогообложения по статье 217 НК РФ". Должно получиться :)